Bir gün gökyüzünden kartlar yağmaya başlar. Dünyanın dört bir yanındakiçocuklar bunları toplar,Vestroia adlı farklı bir dünyaya ait olduğunu bilmeksizin bir savaşoyunu icat ederler. İçlerinden Dan, Marucho, Runo, Shun, Julie ve Alice adlı 6çocuköneçıkar. Buçocuklar canavarlarını Bakugan, kendi takımlarını ise Bakugan Savaşçıları diye adlandırırlar. Vestroia; Ateş, Toprak, Işık, Karanlık, Su ve Rüzgarözelliklerine sahip 6 farklı dünyadan oluşan uçsuz bucaksız bir boyuttur. Bu evrenin merkezinde iki karşıt enerjiçekirdeği yer almaktadır: pozitif enerjinin kaynağı SonsuzÇekirdek ve negatif enerjinin kaynağı SessizÇekirdek. Tarih boyunca Vestroia'nın dengesini bu karşıt güçler sağlamışlardır. Ancak herşeye hükmetme hırsıyla yanıp tutuşan, Naga adında kötü niyetli bir Bakugan vardır ki, SessizÇekirdek'e girerek onun gücünü ele geçirmek içinçabalamaktadır. Bu arada Dünya'da ise Michael adlı bir bilim adamı ışınlama cihazıüzerinde deneyler yapmaktadır. Birgün bu cihazı test ederken oluşan bir patlama Michael'ı Vestroia'ya taşır ve buradaki iki enerji kaynağını bulur. Michael dünyaya dönmeyeçalışırken SessizÇekirdek'in kötü enerjisi tarafındançekilir ve Hal-G adlı kötü karaktere dönüşür. Hal-G Vestroia'da Bakugan Naga ile karşılaşır ve ikisi bir anlaşma yapar: Hal-G Vestroia'daki kontrolü elde etmek karşılığında Naga'ya Dünya'yı verecektir. Naga nihayet SessizÇekirdek'e girmeyi başarmıştır ve buradaki negatif enerjiyiçekmeye başlar. Fakatçektiği enerji Naga'ya fazla gelince bir patlama olur ve SonsuzÇekirdek dünyaya düşer. Vestroia'da sanki kıyamet kopmuştur, açığaçıkan negatif enerji burada yaşayan Bakugan'ları zor duruma sokar. Vestroia'nın yıkımı Dünya'yı da etkilemiştir. SonsuzÇekirdek ve SessizÇekirdek birbiriyleçatışmakta ve kontrol edilemez haldedir. Burada iş Dan ve diğer Bakugan Savaşçıları'na düşer; dengeyi yeniden sağlamak için SonsuzÇekirdek'i bulmak ve SessizÇekirdek'le birleştirmek gerekmektedir. Bu genç savaşçıların baştaoyun sandıkları şey şimdi evrende barışı sağlamak adına verilen bir mücadeledir.